3 berichten aan het bekijken - 1 tot 3 (van in totaal 3)
  • Q:
    Bijdrager
    geejay

    unix uitvoerbestand

    Beste allemaal,

    ben hier echt een leek in en heb een beetje hulp nodig. Wil wat DNA sequenties samenvoegen via een programma dat cap3 heet. Hoe laat ik dit programma de file inladen? Als ik dubbelklik opent een terminal window maar daar kan ik verder niets mee doen. EN commando’s zoals “open NCBI_EST.fas -a cap3” levert alleen “Unable to find application named ‘cap3′” op.
    Iemand een idee om me een beetje verder te helpen?

    Bijdrager
    Jakko Westerbeke

    Is het een programma dat je in de terminal uit moet voeren? In dat geval zul je het denk ik op moeten starten door naar de directory (map) waar het instaat te gaan in de terminal; dit doe je het makkelijkst door in de Finder te gaan naar de map boven de map waar cap3 instaat, dan de Terminal te openen en
    [code:1:4dfc56ce29]cd[/code:1:4dfc56ce29]
    in te typen, met een spatie erachter, en dan nog níet op Enter te drukken. Sleep dan de map waarin cap3 staat op het terminalvenster en je zult zien dat het volledige pad achter “cd” komt te staan. Druk nu op Enter.

    Om het programma uit te voeren zou het volstaan om
    [code:1:4dfc56ce29]./cap3[/code:1:4dfc56ce29]
    in te typen, gevolgd door een druk op de Enter-toets.

    Ik ken cap3 niet, maar er is goede kans dat je dan helemaal niks ziet gebeuren, maar dat je ook de terminalprompt niet terugkrijgt; druk in dat geval Ctrl+C in (dit sluit het draaiende programma af).

    Hoe dan ook is het ’t beste als je op zoek gaat naar documentatie vóórdat je het programma opstart! Unix-commando’s verwachten meestal parameters achter de programmanaam om ze te vertellen wat ze moeten doen, en als je die niet weet kun je wel ophouden … Met een beetje geluk is er een manpage (manual page, handleiding) beschikbaar: probeer eens
    [code:1:4dfc56ce29]man cap3[/code:1:4dfc56ce29]
    en als dat niks doet, dan
    [code:1:4dfc56ce29]./cap3 –help[/code:1:4dfc56ce29]
    Dat laatste zou je, als het goed is, een samenvatting van de mogelijke opties moeten geven.

    Bijdrager
    arri

    je moet waarschijnlijk iets doen als (NB: ik heb alle argumenten (a, b, c, f, o) uit mijn duim gezogen…)
    [size=9:52c4a7b449]

    $ > /path/to/cap3 -a 1 -b 2 -c 3 -f /path/to/inputfile -o /path/to/outputfile

    [/size:52c4a7b449]
    cap3 komt dus eerst op de commandline (om het te executen), dan volgen de argumenten (a, b, c, f, o) met hun waarden (1, 2, 3 ..etc), waaronder input- en output files.
    vaak hoef je voor die laatsten geen argumenten te gebruiken en jun je volstaan met bv. [size=9:52c4a7b449]

    $ > /path/to/cap3 inputfile outputfile

    [/size:52c4a7b449]hier dient inputfile zich te bevinden in de ‘current directory’ (default is dat home: ~/ in een nieuw terminal window) en wordt outputfile naar diezelfde directory geschreven.
    waarschijnlijk kun je met [size=9:52c4a7b449]

    $ > /path/to/cap3 -h

    [/size:52c4a7b449]of[size=9:52c4a7b449]

    $ > /path/to/cap3 --help

    [/size:52c4a7b449]meer te weten komen over hoe cap3 werkt.

3 berichten aan het bekijken - 1 tot 3 (van in totaal 3)

Je moet ingelogd zijn om een reactie op dit onderwerp te kunnen geven.